Studia
„Był to cichy człowiek o racjonalnym usposobieniu, który już wtedy jawił się jako typ filozofa, a jak się później dowiedzieliśmy, pierwotnie chciał studiować filozofię. Był poważny. Uczył się tak, aby poznać rzeczy do głębi, a nie po to, by olśnić przy egzaminach. Bardzo chętnie pomagał innym w studiach czy przy rozwiązywaniu uczelnianych problemów. Przeważnie brał udział w debatach, które dotyczyły studiów lub problemów politycznych”.
Wypowiedź Pavla Bursy, kolegi Palacha z Wyższej Szkoły Ekonomii (VŠE), 28 stycznia 1969
Po maturze Jan Palach chciał studiować historię na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Karola w Pradze. Chociaż egzaminy wstępne zdał dobrze, nie został przyjęty z powodu zbyt dużej liczby kandydatów. W związku z tym zapisał się na kierunek ekonomia rolnicza w Wyższej Szkole Ekonomii (VŠE). Pomimo iż nie był to jego wyśniony kierunek studiów, w ciągu dwóch lat nauki w szkole zdał 16 egzaminów i włączył się do tamtejszego życia studenckiego. W lecie 1967 roku wziął udział w wyjeździe studenckim do Kazachstanu, a rok później był głównym organizatorem brygady do okolic Leningradu. Wiosną 1968 roku pomagał na VŠE zakładać Akademicką Radę Studentów.
Na VŠE Jan Palach przeżył także okres Praskiej Wiosny, który wiązał się dla niego z zasadniczą zmianą w życiu. Już wcześniej interesował się polityką (swoim przyjaciołom przykładowo rozdawał różne, pisane na maszynie teksty, między którymi był list Aleksandra Sołżenicyna, teksty Ludvika Vaculika czy kopie przemówień ze zjazdu pisarzy), jednak w roku 1968 jego zainteresowanie sprawami publicznymi stało się jeszcze większe. Wiosną 1968 roku wziął udział w szeregu spotkań dyskusyjnych i mitingów.
W roku 1968 większą część lata Jan Palach spędził na wycieczce do Związku Radzieckiego, skąd wrócił dopiero 17 sierpnia. W domu czekała na niego radosna wiadomość – decyzja o przyjęciu jego podania o przeniesienie na Wydział Filozoficzny UK. We Vsetatach przeżył także narodowy szok, czyli okupację Czechosłowacji przez wojska pięciu państw Układu Warszawskiego. 21 sierpnia 1968 roku wybrał się do Pragi, gdzie spędził kilka kolejnych dni. Po powrocie do Vsetat malował z kolegami na ulicach hasła przeciwko okupacji.
Na początku października 1968 roku Jan Palach po raz pierwszy pojechał na Zachód. Za pomoc przy organizacji brygady w Związku Radzieckim otrzymał wycieczkę do Francji, gdzie pomagał przy zbiorze winogron. Do Czechosłowacji wrócił 19 października 1968, a więc dokładnie dzień po tym, jak Zgromadzenie Narodowe uchwaliło umowę o tymczasowym pobycie wojsk radzieckich.