Reakcje władz
„Chcemy wierzyć, że Komitet Centralny Komunistycznej Partii Czechosłowacji (ÚV KSČ), rząd CSRS (ČSSR) i inne właściwe organy republiki: wyciągną wszystkie politycznie niezbędne wnioski i sprawnie pokierują partią, ludem pracującym, zgodnie z duchem partii ocenią działalność sił antysocjalistycznych i antyradzieckich w związku z rozpętaniem prowokacyjnej kampanii wokół wypadku na Placu Wacława.”
Z listu Leonida Iljicza Breżniewa i Alexandra Nikołajewicza Kosygina, 22 stycznia 1969
Kierownictwo państwa i partii komunistycznej w drugiej połowie stycznia starało się przede wszystkim uspokoić sytuację i utrzymać kontrolę nad zszokowanym społeczeństwem. Politycy w większości wyrażali ubolewanie nad czynem Jana Palacha, jednocześnie jednak odrzucali formę jego protestu. Na kilku spotkaniach z przedstawicielami szkół wyższych określili ich żądania jako niemożliwe do spełnienia.
W dniu 19 stycznia 1969 r. ogłoszono stan pogotowia jednostek Służby Bezpieczeństwa, największy od sierpniowej okupacji. Urząd ds. prasy i informacji 20 stycznia 1969 roku wydał redakcjom zarządzenie, na mocy którego miały publikować jedynie oficjalne informacje. Wydalono 16 zagranicznych dziennikarzy. Tego samego dnia w Bratysławie miało miejsce spotkanie kierownictwa Komitetu Centralnego Partii Komunistycznej Słowacji pod przywództwem Gustawa Husaka. Uchwała, przyjęta na spotkaniu, zawierała już jawne groźby. Z drugiej strony czeski rząd na podstawie umowy z przedstawicielami szkół wyższych zgodził się najpierw na zorganizowanie w Pradze marszu pogrzebowego, potem zaś na publiczne pożegnanie z Palachem.
Jego czyn osądzili jedynie dogmatycy z kręgu komitetu dzielnicowego KSČ w Pradze – Libni, którzy mówili o rzekomym wykorzystaniu Jana Palacha. Tę kłamliwą tezę rozwijał przede wszystkim poseł Vilem Novy, który 29 lutego 1969 r. udzielił wywiadu zagranicznej agencji AFP, w którym po raz pierwszy publicznie przedstawił teorię o „zimnym ogniu”. Palach miał być rzekomo przekonany, że zostanie polany substancją, która się pali, ale nie parzy. Demonstracyjna akcja jednak nie udała się a Palach poparzył się. Zdaniem Novego odpowiedzialność leżała po stronie „prawicowych” pisarzy i publicystów.
List pierwszego sekretarza KPZR Leonida Iljicza Breżniewa i przewodniczącego Rady ministrów ZSSR Aleksieja Nikołajewicza Kosygina, który przesłali 23 stycznia 1969 r. Alexandrowi Dubčekovi i Oldřichowi Černíkovi, jasno dowodzi, skąd pochodziła interpretacja o „wykorzystanym studencie”. Przedstawiciele Związku Radzieckiego wyrazili w liście duże zaniepokojenie sytuacją w Czechosłowacji a Jana Palacha określili jako ofiarę prowokatorów.