Śmierć

„Człowiek musi bronić się przed złem, z którym sobie poradzi”.

Jan Palach, 17 stycznia 1969

Już kilka godzin po czynie Palacha, klinika była oblężona przez dziennikarzy, którzy domagali się informacji o stanie jego zdrowia. W związku z tym dyrektor oddziału oparzeń Jarmila Doležalová podjęła decyzję o zamknięciu kliniki, zaś zgodę na odwiedziny wydała jedynie matce Palacha i bratu Jerzemu. Do sali nie wpuściła nawet śledczych z Milicji Obywatelskiej, którzy chcieli poznać szczegóły dotyczące ewentualnych naśladowców Palacha. Wzięła od nich jedynie magnetofon szpulowy, na którym miały być nagrywane ewentualne wypowiedzi Palacha (urządzenie to z nie wyjaśnionych powodów nie było prawdopodobnie w ogóle użyte). 

Według wspomnień personelu szpitala Palach przez cały czas twierdził, że grupa jego naśladowców rzeczywiście istnieje. Na pytanie, kim są jej członkowie, odmawiał jednak odpowiedzi. W dniu 17 stycznia 1969 roku psychiatra dr Zdenka Kmuníčková nagrała na magnetofon kasetowy (prawdopodobnie inny, niż przekazała Milicja Obywatelska) krótką rozmowę z poparzonym studentem. Powtórzył w niej żądania ze swojego listu podkreślając, że swoim czynem chciał pobudzić ludzi do działania. Tego samego dnia Palacha odwiedziła jego matka i brat, którzy byli w stanie głębokiego wstrząsu. Oboje zostali potem hospitalizowani w klinice psychiatrycznej.

Stan zdrowia Jana Palacha przez cały okres przebywania w szpitalu był krytyczny. Doktor Marta Zádorožna przyjmując go na oddział, stwierdziła poparzenie II i III stopnia na prawie 85% ciała, co w większości przypadków oznacza śmierć. Pomimo tego Palach, któremu podawano środki uśmierzające ból, interesował się reakcjami na swój czyn.

W niedzielę 19 stycznia 1969 r. roku lekarz dyżurny dr Radko Vrabec, zadzwonił do znajomej Palacha z akademika Evy Bednárikovej z prośbą, aby jak najszybciej przyszła do szpitala, ponieważ pacjent chce z nią porozmawiać. Według jej słów Jan Palach poprosił, aby przyprowadziła przywódcę studentów Lubomíra Holečka. Kiedy wróciła z nim do szpitala, poparzony student rzekomo poprosił ich, aby przekazali pozostałym członkom grupy, żeby nie dokonywali samospaleń. Prawdopodobnie pozostanie pytaniem, czy rzeczywiście chodziło o autentyczne życzenie Palacha. Pięciodniowy termin na spełnienie jego żądań pomału mijał, zaś obawy przed kolejnym szokującym czynem mogły doprowadzić w najmniejszym przypadku do innej interpretacji słów Palacha. Dodatkowo, w związku z jego krytycznym stanem, nie mógł zwięźle się wypowiadać. Po odejściu Bednárikovej i Holečka z sali jego stan wyraźnie się pogorszył.

Dnia 19 stycznia 1969 o godz. 15.30 lekarze stwierdzili zgon Jana Palacha. Wieczorem jego cało zostało przewiezione do budynku Medycyny Sądowej, gdzie rzeźbiarzowi Olbramowi Zoubkowi udało się zdjąć pośmiertną maskę. Wykonano tutaj także sekcję zwłok, według której której bezpośrednią przyczyną śmierci było „zapalenie płuc powstałe w wyniku poparzenia”.