Dzieciństwo

Był lubiany w grupie za dobry i przyjacielski stosunek do kolegów. Był cichy, dociekliwy, bardzo oczytany, już od najniższych klas interesował się przyrodą, techniką i historią.

Opinia dyrekcji Szkoły Podstawowej we Všetatech, 3 marca 1969

Ojciec, Józef Palach od połowy lat 30. prowadził we Všetatech zakład cukierniczy ze sklepem. Jego żona, Libusza, z domu Kostomlatská, zajmowała się domem. Rodzice brali aktywny udział w miejscowym życiu: chodzili do Sokola, grali w teatrze amatorskim, Józef Palach był członkiem narodowej partii socjalistycznej a jego żona Libusza członkinią chóru ewangelicznego w pobliskiej miejscowości Libisz. Swoich synów – Jana i pierworodnego Jerzego (1941) – starali się wychowywać w duchu patriotycznych tradycji Pierwszej Republiki.

Na początku lat 50. Palachowie, podobnie jak większość przedsiębiorców, musieli zamknąć sklep, a klika lat później także zakład. Józefowi Palchowi udało się zyskać tylko pracę robotnika w zakładzie Młyny i piekarnie w Brandysie nad Labą, zaś jego żona rozpoczęła pracę jako sprzedawczyni w barze szybkiej obsługi pod szyldem państwowego przedsiębiorstwa „Restauracje i stołówki” („Restaurace a jidelny”) na dworcu kolejowym we Všetatech. Pomimo tych doświadczeń w roku 1957 Libusza Palachova zapisała się do Komunistycznej Partii Czechosłowacji (KSČ). Powód był jeden - chciała mieć gwarancję, że jej synowie będą mogli w przyszłości studiować. W roku 1962 rodzina przeżyła wielki wstrząs – na zawał serca zmarł Józef Palach. Starszy syn, Jerzy, był już dorosły, więc Libusza została w domu jedynie z Janem.

Według wspomnień Miroslava Slacha, który w szkole podstawowej we Všetatech uczył historii, Jan Palach był zapalonym szachistą i czytelnikiem. Kochał powieści przygodowe i historyczne. Równie chętnie uprawiał sport, chodził do lokalnego towarzystwa gimnastycznego i biegał po okolicy. We wrześniu 1963 roku rozpoczął naukę w Mělníku w Średniej Szkole Ogólnokształcącej, jak nazywano wówczas gimnazjum. Według wspomnień ówczesnych profesorów należał raczej do przeciętnych uczniów, wyróżniał się jednak w historii, geografii, wychowaniu obywatelskim i biologii. W czerwcu 1966 stanął przed komisją maturalną.