Pogrzeb
„W tym cynicznym stuleciu, w którym często przerażają nas inni, a my z kolei przerażamy ich, w którym wielokrotnie lękamy się, jak mali jesteśmy, on doprowadził nas do tego, żebyśmy zadawali pytanie, które uczynić z nas może wielkich ludzi: Co ja zrobiłem dla innych, jakie jest moje serce, za czym podążam, czemu służę, co jest dla mnie najważniejszą wartością w życiu?“
Kazanie księdza Jakuba S. Trojana nad grobem Jana Palacha, 25 stycznia 1969
Pogrzeb Jana Palacha został zaplanowany na niedzielę 25 stycznia 1969 roku. Jego organizatorem był Związek Studentów Szkół Wyższych Czech i Moraw. Zgodę uzyskał m.in. dzięki temu, że pochód ku czci Palacha z Placu Wacława do budynku Wydziału Filozoficznego organizowany przez związek 20 stycznia 1969 roku, w którym wzięło udział kilkadziesiąt tysięcy ludzi, miał spokojny przebieg. Przedstawiciele związku chcieli pochować swojego kolegę na Slavinie, na to jednak nie udało im się uzyskać zgody oficjalnych urzędów. Jako miejsce ostatniego odpoczynku Jana Palacha wybrano w związku z tym Olszańskie Cmentarze (Olšanské hřbitovy).
Trumna z ciałem Palacha już od piątku 24 stycznia 1969 roku wystawiona była w Karolinum, gdzie ze zmarłym studentem przyszły się pożegnać dziesiątki tysięcy ludzi. Tego samego dnia wieczorem we Vsetatach odbyła się ceremonia pogrzebowa, w której wzięła udział większość mieszkańców. Rano 25 stycznia obrzędy pogrzebowe były kontynuowane, krótko po południu na dziedzińcu Karolinum rozpoczęła się msza żałobna. Przemówienia, w których podkreślano moralną siłę czynu Palacha i ponadczasowość jego ofiary, wygłosili rektor Uniwersytetu Karola Oldřich Starý, dziekan Wydziału Filozoficznego Jaroslav Kladiva oraz studenci Zdeněk Touš i Michael Dymáček.
Przemówił także minister edukacji Vilibald Bezdíček, który wraz z ministrem sportu Emanuelem Bosákem, był jedynym przedstawicielem czeskiego rządu na pogrzebie. Obie te postacie były praktycznie nie znane opinii publicznej, gdyż objęły swoje stanowisko dopiero 8 stycznia 1969 roku. Nikt z naprawdę ważnych przedstawicieli rządu i partii nie wziął udziału w obrzędzie.
Po obrzędzie trumna została przeniesiona do karawanu, za którym uformował się kondukt pogrzebowy. Przeszedł on przez Rynek Owocowy (Ovocný trh), ulicą Celetną na Plac Staromiejski (Staroměstské náměstí) i zatrzymał się przez budynkiem Wydziału Filozoficznego na placu, który już 20 stycznia spontanicznie przemianowano na cześć Jana Palacha. Ostatnie pożegnanie na Cmentarzach Olszańskich odbyło się już tylko w obecności rodziny, zaproszonych gości i dziennikarzy. Kazanie nad grobem wygłosił ksiądz ewangelicki Jakub S. Trojan, który podkreślił znaczenie ofiary Jana Palacha.