Protest
„W czasie, kiedy widziałem jak wspomniany płonął, płomienie były już tak duże, że widziałem niewyraźnie jedynie wyraz jego twarzy (...) Zanim mogłem cokolwiek zrobić, wspomniany płonący młodzieniec przebiegł odległość od ściany pod muzeum do poręczy niedaleko mojego samochodu, przeskoczył ją od strony chodnika i obok mojego samochodu i samochodu Škoda MB 1000, który stał po mojej lewej ręce, zeskoczył na ulicę i pobiegł za elektryczną kolejkę uliczną, która w tym czasie przejeżdżała w kierunku od dolnej części Placu Wacława do muzeum”.
Wypowiedź Józefa Kříže, świadka protestu Palacha, 17 stycznia 1969
Szokujący protest Jana Palacha widziało wielu świadków, których wypowiedzi zachowały się w materiałach z przesłuchań Milicji Obywatelskiej (Veřejná bezpečnost), umożliwiając bardzo dokładną rekonstrukcję wydarzenia. Okolica miejsca zdarzenia wyglądała w styczniu 1969 inaczej niż dzisiaj. Główny budynek Muzeum Narodowego był integralną częścią Placu Wacława (Václavské náměstí), oba miejsca nie były rozdzielone drogą szybkiego ruchu. Cały plac rozdzielony był szeregiem linii tramwajowych, jeden z przystanków znajdował się zaraz obok pomnika Św. Wacława.
Przy barierce obok fontanny Jan Palach położył kurtkę i z teczki wyjął butelkę z napisem eter. Otworzył ją nożem i przyłożył do twarzy. Potem, przy fontannie, polał się benzyną i zapalił. Przeskoczył poręcz i przebiegł między zaparkowanymi samochodami w kierunku pomnika Św. Wacława. Potem o mało nie został potrącony przez przejeżdżający tramwaj. Pewnie dlatego skręcił w kierunku Domu Towarowego w pobliżu którego upadł na ulicę. Tu przypadkowi świadkowie zgasili go swoimi płaszczami. Na żądanie Palacha świadkowie otworzyli teczkę pozostawioną obok fontanny i przeczytali jego list. Po kilku minutach na miejscu pojawiła się karetka Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, która przypadkiem przejeżdżała obok.
Poparzony młody człowiek, który wciąż był przytomny, został najpierw przewieziony do szpitala na Placu Karola (Karlovo náměstí). Tu jednak nie został przyjęty, a karetka została odesłana na ulicę Legerovą, gdzie wówczas mieściła się Klinika Chirurgii Plastycznej Szpitala Uniwersyteckiego na Vinohradach, której częścią był oddział leczenia oparzeń. Przyjęto go tutaj o godz. 14.45. Kiedy odwożono go do szpitalnej sali, wyjaśniał pielęgniarkom, że nie jest samobójcą, ale że podpalił się w ramach protestu - tak jak buddyści w Wietnamie.
Na miejscu czynu Palacha zgromadził się wielki tłum ludzi. Zaraz przyjechali także strażacy i śledczy Milicji Obywatelskiej, którzy przesłuchali pierwszych świadków i zrobili zdjęcia. Pod fontanną znaleźli 7 odłamków szkła z butelki i spalony pojemnik. Na miejscu znaleźli także dwa papiery formatu A4, na których prawdopodobnie świadek protestu Palacha ołówkiem napisał: „Tu podpalił się 20-letni student”. Funkcjonariusze MO zabrali także osobiste rzeczy Palacha, wśród których był list wyjaśniający jego czyn. Na jego podstawie zdecydowali potem o wszczęciu śledztwa w sprawie karnej o udział w samobójstwie. Już dwie godziny po czynie Palacha Czechosłowacka Agencja Prasowa (ČTK) wydała krótki komunikat o samospaleniu studenta Wydziału Filozoficznego, w którym pojawiały się tylko inicjały sprawcy wydarzenia.