Polistopadová tradice

„Je možné stavět nenápadné či neviditelné pomníky. Třeba vyrýt jména obětí do kamenných desek a obrátit je jmény dolů. Kdo nechce vidět takovýto pomník, nemusí. Myslím, že v Čechách máme jen jeden protipomník. Postavila jej Barbora Veselá jako vzpomínku na Jana Palacha na Václavském náměstí přímo pod Muzeem..."

Václav Cílek

Po listopadu 1989 bylo poprvé možné svobodně připomínat odkaz činu Jana Palacha. Již 20. prosince 1989 bylo po něm opět pojmenováno náměstí před hlavní budovou Filozofické fakulty UK v Praze (poprvé bylo Náměstí Krasnoarmějců spontánně přejmenováno po Janu Palachovi již v lednu 1969). Na budovu fakulty byla také umístěna pamětní deska, kterou vytvořil sochař Olbram Zoubek. Její součástí je i replika Palachovy  posmrtné masky. Symbolický návrat se uskutečnil 25. října 1990, kdy byla urna s Palachovým popelem slavnostně převezena ze Všetat na Olšanské hřbitovy. Ve stejném roce také vyšla v Praze kniha Jiřího Lederera o Palachově činu.

Dne 28. října 1991 prezident republiky Václav Havel propůjčil Janu Palachovi a Janu Zajícovi in memoriam Řád Tomáše Garrigua Masaryka I. třídy za vynikající zásluhy o demokracii a lidská práva. V roce 2000 vznikl před rampou Národního muzea pozoruhodný Palachův a Zajícův pomník.

 V revolučním období se na Filozofické fakultě v Praze ustavil studentský stávkový výbor, který později inicioval vznik Studentského fondu FF UK. Fond měl působit především jako sdružení pro podporu komunikace studentů s vedením fakulty. Jeho výkonným orgánem se stala Studentská rada, která se od počátku devadesátých let stala hlavním organizátorem vzpomínkových akcí k výročí sebeupálení Jana Palacha. Tradičně mají podobu komorních pietních aktů, kterým předchází projekce dokumentů či besedy s pamětníky.

V roce 2009 se Studentská rada podílela také na vzpomínkových akcích k 40. výročí Palachova činu, jejichž součástí byl pietní akt, koncert, mše, výstava a konference. Při této příležitosti byla vydána výpravná knižní publikace Jan Palach '69. Ve stejném roce byl naproti budově gymnázia v Mělníku, které Jan Palach navštěvoval, odhalen jeho pomník.

Od počátku devadesátých let se konají také každoroční pietní akty ve Všetatech, kde je pořádá Společnost Jana Palacha. Komorní vzpomínka se pravidelně odehrává rovněž na Olšanských hřbitovech.