Studium
„Šlo o člověka tiché povahy, racionálního založení a už tehdy se jevil jako typ filosofa, a jak jsme později zjistili, původně filosofii studovat chtěl. Byl vážnější povahy. Učil se tak, aby věci poznával do hloubky, a ne proto, aby oslnil u zkoušek. Velmi rád pomáhal jiným ve studiu nebo při řešení věcí ve vztahu ke škole. Převážně se zúčastňoval debat se vztahem buď ke studiu, nebo politickým problémům.“
Výpověď Palachova spolužáka z VŠE Pavla Bursy, 28. leden 1969
Po maturitě chtěl Jan Palach studovat historii na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Ačkoliv přijímací zkoušky složil dobře, nebyl pro velký počet uchazečů přijat. Zapsal se proto ke studiu zemědělské ekonomie na Vysoké škole ekonomické. Přestože to nebyl jeho vysněný obor, složil za dva roky studia na této škole šestnáct zkoušek a zapojil se do tamního studentského života. V létě 1967 se zúčastnil pracovního zájezdu do Kazachstánu a o rok později byl hlavním organizátorem brigády do oblasti Leningradu. Na jaře 1968 pomáhal na VŠE zakládat Akademickou radu studentů.
Na VŠE zažil také Jan Palach období Pražského jara, které pro něho znamenalo zásadní životní zlom. Již předtím se sice zajímal o politiku (svým přátelům například rozdával různé strojopisné texty, mezi nimi dopis Alexandra Solženicyna, texty Ludvíka Vaculíka či přepisy projevů ze sjezdu spisovatelů), v roce 1968 se však jeho zájem o věci veřejné ještě vystupňoval. Na jaře 1968 se zúčastnil řady diskusních setkání a mítinků.
Většinu léta v roce 1968 Jan Palach strávil na zájezdu v Sovětském svazu, odkud se vrátil až 17. srpna 1968. Doma na něho čekala radostná zpráva – oznámení, že byla schválena jeho žádost o přestup na Filozofickou fakultu. Ve Všetatech zažil také celonárodní šok, okupaci Československa vojsky pěti států Varšavské smlouvy. Dne 21. srpna 1968 se vypravil do Prahy, kde strávil několik následujících dní. Po návratu do Všetat psal na ulicích s kamarády nápisy proti okupaci.
Začátkem října 1968 se Jan Palach poprvé podíval na Západ. Za pomoc při organizaci brigády v Sovětském svazu obdržel zájezd do Francie, kde pomáhal při sběru hroznů. Do Československa se vrátil 19. října 1968, tedy přesně den poté, kdy Národní shromáždění schválilo smlouvu o dočasném pobytu sovětských vojsk.