Смерть
Человек должен противостоять такому злу, которое он способен победить.
Ян Палах, 17 января 1969 г.
Уже через несколько часов после совершенного Яном Палахом самосожжения клиника была окружена журналистами, требовавшими предоставления информации о состоянии здоровья студента. Поэтому заведующая ожоговым отделением Ярмила Долежалова приняла решение закрыть клинику, разрешив посещение только матери Яна Палаха и его брату Иржи. В его палату она не пустила даже следователей Общественной безопасности, которые хотели получить информацию о потенциальных последователях Палаха. От Ярмилы Долежаловой они смогли добиться только того, что она взяла бобинный магнитофон для записи возможных реплик Палаха (однако данное устройство по неясным причинам, скорее всего, ни разу не было использовано).
Воспоминания медицинского персонала свидетельствуют о том, что Ян Палах все время твердил о существовании группы его последователей. Однако на вопрос о том, кто входит в состав данной группы, он отвечать отказывался. 17 января 1969 года психиатр клиники Зденка Кмуничкова записала на кассетный магнитофон (по всей видимости, не на тот, который предоставила Общественная безопасность) небольшую беседу с получившим ожоги студентом. В ходе нее Ян Палах повторил требования, которые он выдвинул в своем письме, подчеркнув, что своим поступком он хотел пробудить людей ото сна. В тот же день в палату Яна пришли его мать и брат, которые были сильно потрясены случившимся. Впоследствии они оба были госпитализированы в психиатрическую больницу.
На протяжении всего периода госпитализации состояние Яна Палаха оставалось критическим. Врач Марта Задорожна, принимая пациента в отделение, констатировала, что он получил ожоги 85 % тела второй и третьей степени тяжести, что в абсолютном большинстве случаев является несовместимым с жизнью. Несмотря на это Палах, получавший обезболивающие средства, интересовался тем, какую реакцию вызвал его поступок.
В воскресенье 19 января 1969 года лечащий врач Палаха Радко Врабец позвонил Эве Беднариковой – знакомой Палаха по общежитию – и попросил ее немедленно прийти в больницу, поскольку с ней хочет говорить его пациент. В соответствии с ее показаниями, Ян Палах попросил ее, чтобы она привела лидера студентов Любомира Голечека. Когда она выполнила его просьбу, судя по всему, студент попросил их передать другим членам группы, чтобы те не сжигали себя. Скорее всего, так и останется загадкой, таково ли было истинное желание Палаха. Пятидневный срок, выделенный на выполнение выдвинутых Палахом требований, постепенно истекал, и опасение повторения шокирующего поступка могло привести как минимум к совершенно иному толкованию его слов. Кроме того, учитывая критическое состояние студента, было сложно предположить, что он был способен на связное выражение своих мыслей. После ухода Беднариковой и Голечека состояние пациента серьезно ухудшилось.
19 января 1969 года в 15:30 врачи констатировали смерть Яна Палаха. Вечером его тело было перевезено в здание отделения судебной медицины, где скульптору Ольбраму Зоубеку удалось снять с усопшего студента посмертную маску. Здесь же прошло и судебное вскрытие, согласно которому причиной смерти явилось «начинающееся воспаление легких, вызванное полученными ожогами».