Koniec nadziei
„Rząd Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich, w porozumieniu z władzami Bułgarskiej Republiki Ludowej, Węgierskiej Republiki Ludowej, Niemieckiej Republiki Demokratycznej, Polskiej Rzeczpospolitej Ludowej, i rząd Czechosłowackiej Republiki Socjalistycznej porozumiały co to tego, że część wojsk radzieckich, znajdujących się w Czechosłowackiej Republice Socjalistycznej, pozostaje tymczasowo na terenie Czechosłowackiej Republiki Socjalistycznej w celu zagwarantowania bezpieczeństwa krajowi socjalistycznemu przed nasilającymi się staraniami o charakterze odwetowym ze strony zachodnioniemieckich sił militarnych.”
Umowa między CSRS a ZSSR o tymczasowym pobycie wojsk, 16 październik 1968
W dniu 26 sierpnia 1968 czechosłowacka delegacja podpisała w stolicy ZSSR tzw. protokół moskiewski. W tajnym dokumencie m.in. zgadzała się na odwołanie postanowień nadzwyczajnego wysoczańskego zjazdu KSČ. Zobowiązała się do czystek w kierownictwie mediów, faktycznego powrotu cenzury i tego, że nie dopuści do omówienia kwestii okupacji w Radzie Bezpieczeństwa ONZ.
Kiedy politycy wrócili do Czechosłowacji, społeczeństwo zbytnio im nie ufało. Nie chcieli bowiem otwarcie mówić o wynikach rozmów. Dopiero Alexander Dubček znów zyskał zaufanie części społeczeństwa, upewniając je, w emocjonalnym przemówieniu, że reformy będą kontynuowane, chociaż w wolniejszym tempie. Jak się jednak okazało w kolejnych tygodniach, realna polityka toczyła się już w zupełnie innym kierunku.
Z kierownictwa Frontu Narodowego 6 września 1968 r. odwołany został František Kriegel, jedyny z polityków, który odmówił podpisania protokołu moskiewskiego. Swoją funkcję stracił wkrótce również dyrektor telewizji Jiří Pelikán i dyrektor radia Zdeněk Hejzlar. Na jesieni 1968 r. z funkcji sekretarza Komitetu Centralnego KSČ sam zrezygnował Zdeněk Mlynář, jeden z głównych autorów Programu akcji.
W dniu 18 października Zgromadzenie Narodowe uchwaliło umowę o tymczasowym pobycie wojsk radzieckich, która legalizowała pozostanie 75 tys. radzieckich żołnierzy w CSRS. Przeciw było jedynie 4 posłów, 10 wstrzymało się a kilku innych w ogóle nie wzięło udziału w posiedzeniu. Kolejne ustępstwo ze strony czechosłowackiego rządu miało miejsce 8 listopada 1968 r., kiedy to tymczasowo zakazano wydawania krytycznych czasopism Reportér i Politika. Powrót konserwatystów miał miejsce na posiedzeniu Komitetu Centralnego KSČ w dniach 14 i 17 listopada 1968 r. Udało im się nie tylko zyskać kilka ważnych funkcji, ale także przeforsować rezolucję, w której ustanowiono kolejny plan „normalizacji”.
Mocną pozycję w KSČ zyskał przede wszystkim słowacki polityk Gustáv Husák. W grudniu 1968 r. zaproponował, aby zakładany kandydat na przewodniczącego nowego Zgromadzenia Federalnego Josef Smrkovský (dotychczasowy przewodniczący Zgromadzenia Narodowego) został zastąpiony słowackim przedstawicielem. W ten sposób miałaby być dotrzymana zasada podziału federacji. W obronie Josefa Smrkovskiego, jednej z najbardziej ulubionych osobistości Praskiej Wiosny, manifestacyjnie stanęło społeczeństwo, jednak ten odrzucił to wsparcie i na jego miejsce wybrany został Peter Colotka. W ten sposób konserwatyści mogli przypisać sobie kolejne zwycięstwo, które zostało przypieczętowane w kwietniu 1969 wyborem Gustáva Husáka na pierwszego sekretarza KC KSČ. Definitywną kropką nad „i” w sprawie Praskiej Wiosny było stłumienie demonstracji ulicznych w sierpniu 1969, w którym, oprócz jednostek służby bezpieczeństwa, wzięła aktywny udział Milicja Obywatelska i czechosłowackie wojsko.