Les études
« Il s’agissait d’une personne au caractère calme, rationnel, et déjà à cette époque, il apparaissait comme un philosophe et, comme nous l'avons appris plus tard, il voulait effectivement faire des études de philosophie. C'était quelqu'un de plutôt sérieux : il étudiait pour connaître les choses en profondeur, pas pour exceller aux examens. Il aimait beaucoup aider les autres dans leurs études ou dans d’autres domaines concernant l’université. Il participait aux débats concernant les études ou les problèmes politiques. »
Témoignage d'un camarade de Jan Palach à l’École supérieure d’économie (VŠE), Pavel Bursa, 28 janvier 1969
Après avoir passé son baccalauréat, Jan Palach voulait faire des études d’Histoire à la Faculté des lettres de l’Université Charles. Bien qu’il ait réussi les examens d’admission, il n’a pas été accepté car le nombre de candidats était trop élevé. Il s’est donc inscrit en économie et agriculture à l'École supérieure d'économie. Même si cela n’était pas son domaine de prédilection, il a passé 16 examens au cours de ses deux années d'études et s’est intégré dans la vie estudiantine de l’école. A l'été 1967, il a participé à un voyage d'études au Kazakhstan et une année plus tard, il a été l’organisateur principal d'un groupe de travail dans la région de Leningrad. Au printemps 1968, il a participé à la création du Conseil académique des étudiants de sa faculté.
C’est aussi à l'École supérieure d'économie que Jan Palach a vécu le Printemps de Prague, qui a été pour lui un tournant crucial. S'il est vrai qu'il s'intéressait à la politique déjà avant (il distribuait à ses amis des textes dactylographiés comme ceux d'Alexandre Soljenitsyne, de Ludvík Vaculík ou des retranscriptions des discours du Congrès des écrivains), son intérêt pour les affaires publiques a encore augmenté en 1968. Au printemps 1968, il a également participé à toute une série de discussions et de meetings.
Jan Palach a passé la majorité de l'été 1968 en URSS, d’où il n’est rentré que le 17 août 1968. A son retour l'attendait une bonne nouvelle : l’acceptation de sa demande pour changer de faculté et la possibilité de poursuivre ses études à la Faculté des lettres. C'est dans la ville de Všetaty qu'il a vécu le choc national : l’occupation de la Tchécoslovaquie par les armées de cinq États du Pacte de Varsovie. Le 21 août 1968, il est parti à Prague où il a passé plusieurs jours. Après son retour à Všetaty, il inscrivait des slogans dans les rues contre l’occupation avec ses amis.
Début octobre 1968, Jan Palach a pu pour la première fois voyager à l’Ouest : grâce à l'aide apportée dans l’organisation du groupe de travail en URSS, il a pu partir en France où il a participé aux vendanges. Il est rentré en Tchécoslovaquie le 19 octobre 1968, c’est-à-dire, un jour après que l’Assemblée nationale a ratifié le contrat sur la présence temporaire de l'armée soviétique.