La mort

« L’homme doit se défendre contre le mal qu’il est capable d'affronter à un moment donné. »

Jan Palach, 17 janvier 1969

Quelques heures après l’acte de Palach, la clinique était assiégée par les journalistes qui voulaient avoir des informations sur son état de santé. La directrice du centre de traitement des brûlures, Jarmila Doležalová, a donc décidé de fermer la clinique et n'a permis l’accès qu’à la mère de Palach et à son frère Jiří. Elle n’a pas laissé entrer les enquêteurs de la Sécurité d'État qui voulaient avoir des détails sur les possibles successeurs de Palach. Elle a seulement accepté un magnétophone qui devait servir à enregistrer d’éventuelles dépositions de Palach (l’appareil n’aurait cependant pas été utilisé du tout pour des raisons inconnues).

D’après les souvenirs du personnel de la clinique, Jan Palach a en permanence insisté sur le fait qu’il existait un groupe de successeurs. Cependant il n’a jamais voulu révéler leur identité. Le 17 janvier 1969, la psychiatre Zdeňka Kmuníčková a enregistré, sur un magnétophone à cassettes (un autre que celui fourni par la Sécurité d'État ), une courte interview de l’étudiant brûlé. Il a répété les revendications contenues dans sa lettre en soulignant que, par son acte, il voulait réveiller les gens. Le même jour, sa mère et son frère lui ont rendu visite. Ils étaient totalement bouleversés. Ils ont dû être tous les deux hospitalisés par la suite en clinique psychiatrique.

Tout au long de son hospitalisation, Jan Palach se trouvait dans un état de santé très critique. Quand il a été reçu au centre, la médecin Marta Zádorožná, a constaté qu’il souffrait de brûlures au deuxième et au troisième degrés sur presque 85% du corps. Dans la grande majorité des cas, il est alors impossible de survivre. Malgré cela, Jan Palach, qui avait reçu des analgésiques pour atténuer la douleur, s’intéressait au retentissement de son acte auprès de l'opinion publique.

Le dimanche 19 janvier 1969, le médecin de service, Radko Vrabec, a contacté Eva Bednáriková, une amie de Palach de la cité universitiaire, en lui demandant de venir immédiatement à l’hôpital parce que le patient voulait parler avec elle. Selon sa déposition, Jan Palach lui a demandé de faire venir le responsable des étudiants, Lubomír Holeček. Quand elle est revenue à l’hôpital avec lui, Palach leur aurait demandé de transmettre un message aux autres membres du groupe, leur demandant de ne pas s'immoler. La question reste de savoir si c’était vraiment le souhait de Palach. Le délai de cinq jours pour satisfaire aux exigences tirait à sa fin et la crainte de la répétition d'un acte aussi choquant a pu entraîner une interprétation différente de ses paroles. De plus, compte tenu de son état de santé critique, il était incapable de parler de façon continue. Après le départ de Bednáriková et Holeček, son état de santé s’est dramatiquement aggravé. Le 19 janvier 1969 à trois heures et demie, les médecins ont constaté la mort de Jan Palach. Le soir-même, son corps a été transféré au bâtiment de la Médecine légale, où le sculpteur Olbram Zoubek a pris son masque mortuaire. Une autopsie judiciaire a été effectuée. Le rapport de cette autopsie indique que la cause immédiate du décès a été « une pneumonie causée par les brûlures ».