Konec nadějí
„Vláda Svazu sovětských socialistických republik, jednajíc se souhlasem vlád Bulharské lidové republiky, Maďarské lidové republiky, Německé demokratické republiky, Polské lidové republiky, a vláda Československé socialistické republiky se dohodly na tom, že část sovětských vojsk, nacházejících se v Československé socialistické republice, zůstává dočasně na území Československé socialistické republiky za účelem zajištění bezpečnosti zemí socialistického společenství před sílícími revanšistickými snahami západoněmeckých militaristických sil.“
Smlouva mezi ČSSR a SSSR o dočasném pobytu vojsk, 16. říjen 1968
Dne 26. srpna 1968 podepsala československá delegace v hlavním městě SSSR tzv. moskevský protokol. V tajném dokumentu souhlasila vedle jiného se zrušením závěrů mimořádného Vysočanského sjezdu KSČ. Zavázala se k čistkám ve vedení médií, faktickému obnovení cenzury i k tomu, že zabrání projednávání okupace v Radě bezpečnosti OSN.
Když se politici vrátili do Československa, veřejnost jim příliš nedůvěřovala. Nechtěli totiž o výsledcích jednání otevřeně hovořit. Teprve Alexander Dubček si část veřejnosti opět naklonil, když občany v emotivním projevu ujistil, že v reformách se bude pokračovat, byť pomaleji. Jak se však v následujících týdnech ukázalo, reálná politika se již ubírala zcela jiným směrem.
Z čela Národní fronty byl 6. září 1968 odvolán František Kriegel, jediný z politiků, který moskevský protokol odmítl podepsat. Svoji funkci zanedlouho ztratil také ředitel televize Jiří Pelikán a ředitel rozhlasu Zdeněk Hejzlar. Na podzim 1968 sám rezignoval na funkci tajemníka Ústředního výboru KSČ Zdeněk Mlynář, jeden z hlavních autorů Akčního programu.
Dne 18. října 1968 schválilo Národní shromáždění smlouvu o dočasném pobytu sovětských vojsk, která legalizovala setrvání 75 tisíc sovětských vojáků v ČSSR. Proti byla pouze čtveřice poslanců, deset se zdrželo a několik dalších se jednání parlamentu vůbec nezúčastnilo. Další ústupek udělala československá vláda 8. listopadu 1968, když dočasně zastavila vydávání kritických časopisů Reportér a Politika. Nástup konzervativců byl dokonán na zasedání Ústředního výboru KSČ ve dnech 14. až 17. listopadu 1968. Podařilo se jim nejen obsadit několik důležitých funkcí, ale také prosadit rezoluci, v níž byl stanoven další plán „normalizace“.
Silnou pozici v KSČ získal především slovenský politik Gustáv Husák. V prosinci 1968 navrhl, aby byl předpokládaný kandidát na předsedu nového Federálního shromáždění Josef Smrkovský (dosavadní předseda Národního shromáždění) nahrazen slovenským zástupcem. Měl tak být dodržen federativní princip. Za Josefa Smrkovského, jednu z nejoblíbenějších osobností Pražského jara, se sice manifestačně postavila veřejnost, avšak Smrkovský její podporu odmítl a na jeho místo byl zvolen Peter Colotka. Konzervativci si tak mohli připsat další vítězství, které bylo zpečetěno v dubnu 1969 volbou Gustáva Husáka prvním tajemníkem ÚV KSČ. Definitivní tečku za Pražským jarem udělalo násilné potlačení pouličních demonstrací v srpnu 1969, na kterém se vedle bezpečnostního aparátu a Lidových milicí aktivně podílela také domácí armáda.